助けを求めてクレアの元へやって来たドイル。クレアは過去に自分たちを殺そうとしたドイルを助ける気にはならず追い返すのだが･･･。体に爆弾を巻かれて議事堂の前に放り出されたマット。知らせを受けたネイサンが駆けつけるが、2人とも爆弾の解除の仕方がわからない。そのネイサンを不審に思っていたダンコはますます疑いを深めていた･･･。そして、サイラーはついに父親と再会を果たす。
引用元: HEROES/ヒーローズ.

　ダンコをやめさせることが出来たと思ったら、ネイサンが能力者であることがばれてしまったり、サイラーが父親をすぐに殺さなかったことから後々面倒なことになりそうだったり、ヒロがマットを助けにいったら同姓同名の赤ちゃんのことだったりで、そういえばピーターはどこに行った？

クレアは部屋にかくまっているアレックスを、母サンドラに見つけてられてしまい･･･。アイザックのロフトでは、マットが一心不乱に絵を描いていた。それを見守るピーター。そこへ「反逆者」からメッセージが届く。そこにはダフニの居場所が書かれていた･･･。一方、車で父親の元へ向かうサイラーと、連れのルーク。その途中、閉鎖されたダイナーを見つけ、急に車を停めるサイラー。打ち付けられた板をはがし店の中に入ると、サイラーは幼い頃を思い出す…。
引用元: HEROES/ヒーローズ.

　シーズン1の頃には全然ぱっとしなかったクレアの母サンドラでしたが、シーズンが進むにつれてタフな母親に変貌してきています。サイラーは段々と極悪人じゃ無くなってきているし、今のところダンコが一番悪者に見えてきています。

マット、ピーター、モヒンダーによってホテルのバーから連れ去られたベネットはモーテルの一室に監禁される。マットはベネットの記憶を辿り、自分たち能力者がなぜ狙われたのかを探る。5週間前、4週間前…と辿っていくうちに、ある事実が判明する。
引用元: HEROES/ヒーローズ.

　今回は、「ベネットの記憶を辿ってこの計画の首謀者を明らかにする」といった所でしたが、マットとモヒンダーが仲間割れを起こしたり、なんだかんだでアンジェラが影で動いていたという感じでますますこじれてきています。

コスタ・ヴェルデの実家に戻ったクレアは、サンドラやライルに真実を隠して何事もなかったように振る舞うベネットの姿に、怒りを覚える。そんな中、クレアは「アレックスを助けてくれ」というメッセージを受信する。ビル第26号では、捕らえられているトレイシーをネイサンが面会していた。その様子を映し出すモニターを凝視するダンコ。一方サイラーは父親を捜すため、ルークと一緒に車で西へ向かっていた。旅行気分で浮かれるルークに苛立ちを覚え・・・。
引用元: HEROES/ヒーローズ.

　クレアに届くSMSはいったい誰からなのか、サイラーが段々良い感じになってきてしまっているし、ヒロは能力を取り戻すことは出来ないのか、ベネットを拉致してどうしようというのか、更に混迷を増してきているような…。

輸送機墜落から43時間後、ネイサンは現状を電話で何者かに報告していた。墜落直後にミサイルが発射され、輸送機は木っ端みじんになったのだった。空爆を指示したのは軍隊を指揮するダンコ。ダンコは能力者を「国家の脅威となるテロリスト」であると判断し、一掃するべきと考えていた。一体ピーターたちはどうなったのか？
引用元: HEROES/ヒーローズ.

　ベネットがネイサンと組んだ理由がはっきりしたが、それでもクレアには納得いかない訳で、そんなクレアにSMSを送ってきたのはいったい誰でしょう。ピーター、ヒロ、マット、モヒンダーが勢揃いしたところはなんとなくうれしかったりします。サイラーはルークを連れて行くことになりましたが、何か思うところがあるのでしょうか、最終的にはルークがかわいそうな目に遭いそうですが…。

7週間後、それぞれが新しい生活を始めていた。ピーターは救命士として働いており、クレアはどの大学に進学するか悩んでいる。ある日、知事から電話をもらったトレイシーがテレビをつけると、ネイサンが「国民への脅威に対する予防策をとる」という話をしている。その直後、トレイシーは何者かに拉致されてしまう。彼女だけではない、ヒロをはじめ能力者が次々と拉致されているのだ…。
引用元: HEROES/ヒーローズ

　第4章の始まり。ネイサンはダークサイドに落ちていて、アンジェラとベネットがいつの間にかネイサンと組んでいて、ピーターは前のように他の人の能力を取り込むことが出来、サイラーは最強の能力者で簡単には拉致されないし、飛行機が落ちてしまうしで相変わらず波乱の予感です。

ネイサンはアーサーから引き継いだ計画をピーターに明かし、仲間に引き入れようとする。一方ピーターから「化学式が完成した」という知らせを受けたベネット、クレア、アンジェラ、メレディスの4人は、パインハーストへ向かおうとする。だがそのとき、サイラーによってプリマテックに閉じ込められてしまう。（Volume 3： 悪人 Villains 終）
引用元: HEROES/ヒーローズ.

アンドウとピーターが薬を使って能力を手に入れましたが、ピーターは以前の能力を全て取り戻したのか、それともただ飛ぶだけなのか。また、アンドウの能力は本当に大丈夫なのかといった不安があります。プリマテックが炎上し、アーサーとサイラーがとりあえず死んでしまったことになり、これでひとまず第3章は終わりのようですが、すぐに第4章に入るようでシーズン3の中で第3章・第4章が展開し、シーズン4は第5章となるらしいです。

　秘密のケンミンSHOWで出てた沖縄ローカルヒーローの「琉神マブヤー」。明らかに「超神ネイガー」のパクリとしか見えませんでした。しかし、調べてみるとネイガーの人が企画に入っているようで、パクリというのはちょっと違うかも知れません。更に調べてみると「超耕21ガッター」という新潟のヒーローもいるらしく、そのうちライダー大集合みたいにローカルヒーロー大集合があれば面白いような気がします。

ヒロとクレアは16年前にタイムスリップする。ヒロはそこで・・・？！その頃、現在では、ネイサンがパインハーストを訪れ、アーサーの計画を引き継ごうとしていた。その計画とは…。一方、サイラーは、アーサーが自分の父親かどうかを確かめるため、ある特殊能力を得ようとする。
引用元: HEROES/ヒーローズ.

　なんか、ネイサンはダークサイドに落ちてしまった雰囲気で、ヒロがクレアの代わりに母親から光を受け取ったはいいがあっというまにアーサーに奪われてしまったり、アーサーもサイラーに殺されてしまったりで、ますます混乱してきている感じ。アーサーは復活しそうな気もしますが、どうなることやら。

チャールズ・ウィンターズという男性から調査の依頼を受けたアリソン。チャールズの妻ケリーは深夜、水の流れる音や赤ん坊の泣き声を聞くというのだ。アリソンはウィンターズ家を調べてみるが異変はない。ところがその夜、ウィンターズ家に昔住んでいた女性が赤ん坊をバスタブで死なせる夢を見る。20年前にこの家で起こり、「事故」として処理されたはずの出来事だった。ケリーは動揺し、チャールズはアリソンに対して怒りをあらわにする。
引用元: ミディアム　霊能者アリソン・デュボア｜WOWOWオンライン.

　シーズン4の最終話。なんだかんだでアリソンもデヴァロスも元の鞘におさまり、ジョーも予想通りに騙されてしまったわけですが、最後には救いの手がさしのべられたようで、このシーズンはめでたしめでたしで終了となりました。シーズン5は2010年春放送予定と言うことで、また半年待つことになります。